Il clima è tipicamente tropicale varia molto a seconda delle differenze di altitudine e del territorio; generalmente vi sono due stagioni: l’estate, umida e  calda, che va da novembre a marzo e l’inverno fresco e più secco da aprile a ottobre. Durante l’estate alcune zone del paese possono essere colpite da violenti cicloni. Il periodo ideale per visitare il paese va da aprile a novembre; in questa stagione le temperature variano tra i 18-24°C durante il giorno sugli altopiani (durante la notte qui possono scendere fino a 10°C) e i 25-33°C sulle coste. La costa sud-occidentale gode di un clima prevalentemente secco tutto l'anno. A Nosy Be la stagione delle piogge va da gennaio a marzo. Sull'isola St.Marie le piogge sono soprattutto tra maggio e agosto.